Inaugurado por el obispo Don Laureano Castán Lacoma el día 11 de mayo de 1968, reúne aproximadamente 300 piezas de arte sacro e historia, pertenecientes a la diócesis de Sigüenza-Guadalajara, procedente de pequeñas iglesias de la provincia, donde era difícil asegurar su custodia y adecuada conservación.

La joya del Museo es, sin duda, una “Inmaculada niña” de Zurbarán. También conserva obras de Salzillo y Luis de Morales. La muestra se completa con marfiles, orfebrería y una colección arqueológica.

Desde el año 2002 ha sido sometido a importantes obras de reforma y de adecuación de sus instalaciones, cuyas puertas ya están abiertas a los visitantes.